Ikastara memiliki Badan Otonom (BO) dan Badan Semi-Otonom (BSO). Kelompok-kelompok ini terbentuk atas dasar peminatan para anggota Ikastara akan kajian atau komponen yang spesifik. Umumnya kelompok ini mengelola keanggotaan dan aktivitasnya secara swadaya, dan berhubungan dengan Ikastara dalam tataran koordinatif dan kerjasama.